阿坝州是世界十大生物多样性中心之一的青藏高原的一部分，是中国川西—滇北植物特有现象中心的重要组成部分，是成都平原及长江、黄河上游的“绿色生态屏障”和“珍贵生物基因宝库”。有珙桐、红豆杉、岷江柏、紫果云杉等珍稀野生植物资源1500种，其中药用植物1200种、芳香油植物70种、淀粉植物37种、油脂植物80种、纤维植物79种、单宁植物68种。贝母、虫草、红豆杉、黄芪、红景天、党参、羌活、秦艽、大黄等大宗药材资源丰富，有“天然药库”之称。有脊椎动物资源557种，其中兽类116种、鸟类338种、爬行类32种、两栖类23种、鱼类48种，其中国家保护动物142种，国家一级重点保护野生动物有大熊猫、川金丝猴、梅花鹿、黑颈鹤等39种，国家二级重点保护野生动物有小熊猫、斑羚、中华鬣羚等103种。